sprawa jest jak dla mnie dość dziwna bo sytuacja powtarza się za każdą wykonaną aktualizacją. A więc po pobraniu pliku .zip z CM13, odpaleniu CWMa, instalacji i resecie uprawnienia roota się tracą. Jak pisał DaRkShAdOw próbowałem wgrać update SuperSU przez CWM, ale po restarcie łapał pętlę. Ściągnąłem natomiast sobie nowszą wersję - https://download.chainfire.eu/921/SuperSU/UPDATE-SuperSU-v2.65-20151226141550.zip i po wgraniu tego przez CWM jest wszystko ok.