Po instalacji CyanogenModa nie działają programy od firm LG(LG PC Suite), Sony(Sony PC Companion), Samsung(Kies) do łączenia się z smartfonem, zarządzania i synchronizacji plików. Gdy łączysz smartfona z Cyanogenmodem to działa tylko pamięć masowa, czyli smartfon jest widoczny jako pendrive w komputerze/laptopie z Windowsem. Gdy podłączasz kabel do smartfona z CyanogenModem i komputera/laptopa to na smarfonie z belki powiadomień wybierasz "połaczenie przez USB" i klikasz "Włącz nośnik USB" wtedy kolor Androida(logo systemu) zmienia się z zielonego na pomarańczowy, i nasz smartfon widoczny jest w komputerze/laptopie jako pendrive.